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如何通过高性能计算,守护粮食安全?

发布时间:2022-04-13 11:07:30点击量:

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案例简介

华中农业大学与联想合作,升级其重点实验室作物遗传改良国家重点实验室的高性能计算集群和存储设备,升级后的实验室让科学家们可以访问专用的高性能计算资源,第三代测序工作的性能得到大幅提升,助推研究成果实现效率。

客户介绍

华中农业大学是位于武汉的一所以生命科学为特色,农、理、工文、法、经、管协调发展的全国重点大学。该校成立于1952年,是国家首批世界一流学科建设高校,国家“211工程"重点建设高校。

在华中农业大学的六个国家级实验室中,作物遗传改良国家重点实验室是中国乃至全球农业生命科学领域具有重要影响的科学研究、人才培养、学术交流的基地之ー,连续5次被评为优秀国家重点实验室,是唯一获此殊荣的农业科研类国家重点实验室。

业务痛点

近年来,应用于农作物遗传改良的基因测序技术取得了长足的进步。且随着生物和计算机交叉学科和物联网(IoT)设备的多样化发展,来自各个领域的科学家们正在利用这些现代化的生物和信息技术,以更快速和智能的方式采集和分析实验数据。

尽管第三代测序技术的精度相对比第二代有了大幅进步,精度可达99.999%,但所需的数据和计算量也呈指数倍增长。

作物遗传改良国家重点实验室现有的高性能计算集群和存储设备,已无法满足完成第三代测序对计算资源和读写效率的高要求,较长的作业时间导致大量任务排队等待计算资源。

解决方案

华中农业大学的研究涉及大规模的数据密集型计算,为了助力华中农业大学加速研究,联想工程师设计了一个在计算和存储性能、选型和可用性方面均能满足需求的高性能计算集群,其浮点峰值达295.45 Tflops。

  • 新集群由95台联想 Thinksystem SN550服务器提供算力支持,并配置2台联想ThinksystemSR650服务器作为管理和登陆节点。服务器之间通过 Mellanox Infiniband FDR交换机和联想 Flex System EN2092千兆交换机联网。

  • 存储性能直接决定了整套高性能计算系统的运行效率,华中农业大学还部署了联想分布式存储解决方案DSS-G240,总容量约为8PB。联想DSS-G240存储,提供了高于实验室老师预期的性能,让研究员和科学家们可以经济高效地读写海量数据,批量处理任务。

  • 同时,IBM Spectrum LSF作业调度系统,能够在大用户量的情况下,也能优秀地满足实验室的精细化管理需求。

用户收益

借助新的高性能计算集群,作物遗传改良国家重点实验室的科学家可以访问专用的高性能计算资源,与原有的系统相比,这些资源可以显著提高计算和存储性能,助推第三代测序工作的性能得到大幅提升。


借助联想高性能计算集群,作物遗传改良国家重点实验室的科学家可以更快地处理和分析更多的基因测序数据,缩短获得洞察的时间,从而更高效地推进农作物遗传改良,为农业生产提供新品种和新方法。

—— 刘浩   华中农业大学   作物遗传改良国家重点实验室老师

适用领域

涉及大规模数据分析计算与运行的工作场景,如CAE仿真运行;物理、化学 、生物研究;动漫多媒体制作;石油勘探;气象、海洋及环境等数据分析。


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